Bağlı'nın göreven alındığı haberi sosyal medya da bomba etkisi yarattı.Prf.Dr.Bağlı,Dicle Üniversitesinde görevli iken de çeşitli iddialarla sık sık gündeme gelmişti.
15 Mart 2017 tarihinde Nevşehir Hacı Bektaş Veli Üniversitesi rektörlüğü görevine atanan Prof. Dr. Mazhar Bağlı, YÖK tarafından görevden alındı.